Schéma návrhu a riešenie polypeptidového peptidového reťazca

I. Zhrnutie
Peptidy sú špeciálne makromolekuly, takže ich sekvencie sú nezvyčajné vo svojich chemických a fyzikálnych vlastnostiach.Niektoré peptidy sa ťažko syntetizujú, zatiaľ čo iné sa syntetizujú relatívne ľahko, ale ťažko sa čistia.Praktickým problémom je, že väčšina peptidov je mierne rozpustná vo vodných roztokoch, takže pri našom čistení musí byť zodpovedajúca časť hydrofóbneho peptidu rozpustená v nevodných rozpúšťadlách. Preto sú tieto rozpúšťadlá alebo pufre pravdepodobne veľmi nekonzistentné s použitím. biologických experimentálnych postupov, takže technikom je prísne zakázané používať peptid na ich vlastné účely, takže ďalej je niekoľko aspektov návrhu peptidov pre výskumníkov.

Schéma návrhu a riešenie polypeptidového peptidového reťazca
Po druhé, správny výber syntetických zložitých peptidov
1. Celková dĺžka down-regulovaných sekvencií
Peptidy s menej ako 15 zvyškami sa ľahšie získavajú, pretože sa zväčšuje veľkosť peptidu a znižuje sa čistota surového produktu.Keďže sa celková dĺžka peptidového reťazca zvyšuje nad 20 zvyškov, kľúčovým problémom je presné množstvo produktu.V mnohých experimentoch je ľahké dosiahnuť neočakávané účinky znížením počtu zvyškov pod 20.
2. Znížte počet hydrofóbnych zvyškov
Peptidy s veľkou prevahou hydrofóbnych zvyškov, najmä v oblasti 7-12 zvyškov od C-konca, zvyčajne spôsobujú syntetické ťažkosti.Toto sa považuje za neadekvátnu kombináciu práve preto, že pri syntéze sa získa B-zložený list."V takýchto prípadoch môže byť užitočné previesť viac ako dva pozitívne a negatívne zvyšky alebo vložiť Gly alebo Pro do peptidu, aby sa odomkla peptidová kompozícia."
3. Zníženie regulácie „ťažkých“ zvyškov
"Existuje množstvo zvyškov Cys, Met, Arg a Try, ktoré sa vo všeobecnosti nedajú ľahko syntetizovať."Ser sa bude typicky používať ako neoxidačná alternatíva k Cys.
Schéma návrhu a riešenie polypeptidového peptidového reťazca

Po tretie, zlepšiť správny výber rozpustných vo vode
1. Upravte N alebo C koniec
V porovnaní s kyslými peptidmi (t. j. negatívne nabitými pri pH 7) sa na zvýšenie negatívneho náboja odporúča najmä acetylácia (acetylácia na N-konci, C-koniec si vždy zachováva voľnú karboxylovú skupinu).Avšak pre bázické peptidy (t.j. kladne nabité pri pH 7) sa na zvýšenie kladného náboja odporúča najmä aminácia (voľná aminoskupina na N-konci a aminácia na C-konci).

2. Výrazne skráťte alebo predĺžte sekvenciu

Niektoré zo sekvencií obsahujú veľké množstvo hydrofóbnych aminokyselín, ako sú Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr a Ala, atď. Keď tieto hydrofóbne zvyšky presiahnu 50 %, zvyčajne nie je ľahké ich rozpustiť.Môže byť užitočné predĺžiť sekvenciu, aby sa ďalej zvýšili kladné a záporné póly peptidu.Druhou možnosťou je downregulácia veľkosti peptidového reťazca, aby sa zvýšili kladné a záporné póly downreguláciou hydrofóbnych zvyškov.Čím silnejšie sú pozitívne a negatívne strany peptidového reťazca, tým je pravdepodobnejšie, že bude reagovať s vodou.
3. Vložte do vody rozpustný zvyšok
Pre niektoré peptidové reťazce môže kombinácia niektorých pozitívnych a negatívnych aminokyselín zlepšiť rozpustnosť vo vode.Naša spoločnosť odporúča N-koniec alebo C-koniec kyslých peptidov kombinovať s Glu-Glu.Bol uvedený N alebo C koniec základného peptidu a potom Lys-Lys.Ak nabitú skupinu nemožno umiestniť, Ser-Gly-Ser možno umiestniť aj na N alebo C koniec.Tento prístup však nefunguje, keď strany peptidového reťazca nemožno zmeniť.